Seaquence, secuenciador biológico-musical online

Tiempo atrás traje al blog Inudge, un secuenciador online con el que pasar un rato divertido haciendo música. En seaquence.org tenemos un mundo virtual en el que unos espermatozoides unas curiosas criaturas marinas hacen música emiten hasta cinco sonidos distintos en función de una serie de parámetros que podemos cambiar simplemente con unos pocos golpes de ratón. Según sus creadores

“Seaquence es una placa de petri musical que partiendo de una metáfora biológica permite crear y combinar seres musicales en composiciones dinámicas y únicas”

El siguiente vídeo muestra algunas de las principales posibilidades del invento:

Seaquence Vídeo Demo por Daniel Massey para Vimeo.

Fuente: Wire to the Ear. Si te interesó el tema quizás quieras ver otras entradas similares anteriores. Como siempre, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos, y a partir de ahora desde Twitter o Friendfeed.

Clonando a Fede, Primera Temporada Episodio 1

En vista de la creciente demanda de servicios de Control SA de alta calidad, en mi departamento hemos decidido llevar adelante un pequeño experimento con Fede Añino, Fanino, uno de nuestros técnicos más brillantes.

Los resultados preliminares no pueden ser más prometedores, siendo tales que ahora nos cuesta distinguir el original de las copias. Seguiremos informando.






Mucha gente no ve del todo bien la clonación. Yo sostengo que mientras nos centramos en clonar a Fede o a la Pataky la cosa no puede salir mal. Mientras tanto, como siempre, muchas gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos, y a partir de ahora desde Twitter o Friendfeed. En la elaboración de este post no se ha maltratado a ninguno de los tres Fedes. De momento.

¿Cómo es un hormiguero por dentro? Vídeo

Me he quedado sencillamente sin palabras con este vídeo, en el que inyectan cemento en un hormiguero y al cabo de un mes lo desentierran cual fósil, mostrando una estructura fascinante, inquietante e improbable.

Desenterrando un Hormiguero- Metacafe

Lo he encontrado a través del fantástico blog Plataforma Arquitectura, gracias al cual también he descubierto cómo sería mi casa ideal.







Fuente: Plataforma Arquitectura. Como siempre, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos, y a partir de ahora desde Twitter o Friendfeed. Durante la elaboración de este post no se ha maltratado ninguna hormiga. No estoy seguro de poder afirmar lo mismo acerca de la elaboración del vídeo.

Anatol Rapoport: Matemáticas para la Paz

Recordamos hoy la figura de Anatol Rapoport (Анатолий Рапопорт, Lozоvaya, Rusia, 22 Mayo de 1911- Toronto, Canadá, 20 de Enero de 2007), psicólogo matemático que realizó importantes contribuciones a la Teoría General de Sistemas, la Biología Matemática y al desarrollo de modelos matemáticos de interacción social.

En 1922 Rapoport emigró a los Estados Unidos donde estudió piano, composición y dirección de orquesta. Entre 1929 y 1934 prosiguió sus estudios musicales en la Vienna Hochschule für Musik, sin embargo el ascenso del nazismo le impidió progresar en su carrera como pianista, y orientó su carrera hacia las matemáticas.

Graduado por la Universidad de Chicago en 1941, sirvió en Alaska y en la India durante la Segunda Guerra Mundial. Tras la guerra se unió al Departamento de Biología Matemática de la Universidad de Chicago. Rapoport fue miembro fundador de la Sociedad para la Investigación General de Sistemas junto a investigadores de la talla de Ludwig von Bertalanffy, Jean Piaget y Herbert Simon. En los 70 emigró definitivamente a Canadá ante el giro militarista que los Estados Unidos estaban tomando en Vietnam, y allí dió clases en la Universidad de Toronto hasta su jubilación.

La evolución de la Cooperación:
Toma y Daca

En 1981 Robert Axelrod, profesor de Ciencias Políticas de la Universidad de Michigan, convocó un torneo informático en el que 14 programas informáticos escritos por investigadores de diversas facultades competirían en una variante del juego denominado Dilema del Prisionero conocida como Dilema del Prisionero Iterado. En esta variante iterada los programas se enfrentan todos con todos repetidamente en series de 200 rondas, debiendo decidir cada vez si cooperan o no con el adversario, teniendo en cuenta la siguiente matriz de pagos:


Según esta matriz de pagos, si ambos cooperan se llevan 3 puntos cada uno, si ambos se traicionan mutuamente 1 punto cada uno, y si engañan al contrario (traicionan al contrario mientras este coopera) el traidor se lleva 5 puntos y deja 0 para el incauto cooperador.

Pues bien: las dos ediciones del torneo (14 programas la primera edición, 62 participantes la segunda) las ganó el programa Toma y Daca de Anatol Rapoport, un programa que además sólo tenía 4 líneas en BASIC. ¿Y qué hacía el Toma y Daca?

1. Comenzar colaborando
2. Hacer lo que su oponente hizo la ronda anterior

El estudio de los resultados del torneo, publicado por Axelrod en su ya clásico "La Evolución de la Cooperación" (1984), indica que este sencillo programa cumple con las condiciones ideales que maximizan la obtención de buenos resultados en este tipo de situaciones

• Ser bueno (Be nice): cooperar, nunca ser el primero en traicionar, pero...
• Ser provocable (Be provocable): devolver la traición, ojo por ojo, diente por diente. No dejarse explotar.
• No ser envidioso (Don't be envious): se justo con tu compañero.
• No ser demasiado listo (Don't be too clever): Se claro y... eso: no te pases de listo.
  

El libro de Axelrod es muy ameno y expone ejemplos sorprendentes de cooperación, como por ejemplo los que se dieron entre bandos enfrentados entre trincheras durante la Primera Guerra Mundial.

Rapoport pasó sus últimos años en el idílico Wychwood Park de Toronto, donde tuvo como vecino a Marshall McLuhan ("el medio es el mensaje"). Los alumnos de Rapoport dicen que era un profesor inspirador y comprometido que atrapaba su atención, imaginación e interés con su gran conocimiento, su pasión por la materia, sentido del humor, espíritu generoso, interés por los problemas de los alumnos y por su animado estilo de enseñanza.

Ver mapa más grande

Fuente: Artículo en la Wikipedia sobre Rapoport. Página personal de Robert Axelrod. Pregunta: me gusta pensar en el Dilema del Prisionero como la E.Coli de la Teoría de Juegos (algo similar al átomo de hidrógeno en física o al juego de la Vida de Conway en el terreno de la vida artificial, ahora tan de moda) ¿Qué otros 'E.Coli' se os ocurren? Como siempre, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos, y a partir de ahora desde Twitter o Friendfeed.

IBM y el Gato Antivirus

Leo en el imprescindible 'El camello, el León y el niño' de mi amigo Javier Castañón como IBM ha realizado la mayor simulación neuronal hasta el momento, equivalente al neocortex del cerebro de un gato. Los que dudan de la utilidad de semejantes avances es que no se han parado a pensar lo que esto podría llegar a suponer aplicado al mundo de los antivirus. Por ejemplo,

Антивирусный кот - Antivirus Cat - Gato Antivirus

Fuentes: Blog de Javier Castañón, Youtube. Como siempre, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos. Mientras refinan la técnica pueden seguir usando becarios :-)

Examinando un cerebro: explorador interactivo de RMs

A los que nos pilló la época de las BBS (y la anterior :-) la abundancia y calidad de la información disponible nos resulta sencillamente adictiva. Hoy en día es posible conocer en detalle la estructura del Himalaya o de la Fosa de las Marianas, explorar Marte, disponer de millones de datos estadísticos de todo tipo, leer patentes... Toda esta avalancha de datos, todo este conocimiento en la punta de los dedos, se ha terminado dando por hecho. Yo, sin embargo, sigo fascinado. Hoy, gracias a Y-Combinator, descubro esta fantástica web

Inside Bill Moorier's head

El autor, Bill Moorier, tuvo que hacerse una resonancia magnética (RM) para descartar un problema médico. El escáner salió perfecto, por lo que le felicito de todo corazón, pero además, y para compensar el mal rato, decidió jugar con las imágenes, en lo que denomina un "fin de semana divertido". El resultado, un fantástico explorador de (su) RM en Flash. Tarda un poco en cargar los datos, pero una vez completa la descarga se pueden mover los controles (las líneas roja, azul y verde). Lo que hace unos años estaba reservado a médicos e investigadores, al alcance de todos. Sencillamente, perfecto.





Fuente: Inside Bill's Head vía Y-Combinator. Como siempre, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más información acerca del RSS). También puedes seguirme a través de mis elementos compartidos.

Conversaciones con un Biólogo - Acerca del Virus AH1N1

Seguimos reclutando amigos con sólida formación científica para explicar temas de actualidad. Este fin de semana he tenido el placer de charlar con Manuel Manrique Cogollor, licenciado en Biología por la Universidad Complutense de Madrid, con estudios de posgrado en Microbiología y Master en Biotecnología. Manuel trabaja desde hace 10 años en una importante empresa farmaceútica con presencia en 170 países. ¿Quíen mejor para explicarnos un poco esto de la gripe porcina?

WLS: Manuel, dentro de toda la información que ha circulado abundantemente en relación al brote de gripe porcina con origen en México, ha habido cierta controversia sobre el término que se debe emplear para nombrarla. Finalmente parece que los medios de comunicación para evitar polémicas y posibles discriminaciones con México y la industria relacionada con la ganadería porcina van a decantarse por el más neutro y basado en aspectos de la biología de estos virus como es Gripe A ó gripe AH1N1. ¿Por qué AH1N1, de dónde sale este nombre?

Virus de la Gripe.
Foto: Cynthia Goldsmith. CDC/ Dr. Erskine. L. Palmer; Dr. M. L. Martin

MMC: Para entender la nomenclatura que utilizan los científicos a la hora de clasificar a los virus de la gripe o virus influenza debemos conocer que existen tres tipos A, B y C. Esta primera diferenciación se basa en las características antigénicas de dos proteínas específicas de estos virus: la proteína NP (nucleoproteina) y la proteína M que forma una matriz dentro del virus. El virus que nos ocupa es un virus de la gripe tipo A. Los virus tipo A son los principales responsables de las epidemias anuales de gripe común que sufrimos cada otoño-invierno y también virus de este tipo han causado las pandemias acontecidas en el siglo XX y de las cuales se ha podido determinar el tipo de patógeno causante. Pero dentro de este tipo de virus los científicos distinguen diferentes subtipos y para realizar a cabo esta clasificación se fijan en las características antigénicas (capacidad de la proteína para desencadenar una respuesta inmune especifica en el huésped) de otras dos proteínas de estos virus:

la proteína H o hemaglutinina

y la proteína N o neuraminidasa

Ambas muestran una parte de su estructura en la superficie externa de la partícula vírica y tienen funciones esenciales en el ciclo infectivo-replicativo del virus. La hemaglutinina es responsable de la adherencia del virus a la célula que va a infectar además de la entrada del material genético del virus al citoplasma celular. La neuraminidasa es responsable de la liberación fuera de la célula huésped de la progenie vírica que se ha formado dentro de la célula infectada y que proseguirá la infección a otras células a menos que el sistema inmune del organismo atacado consiga detenerlos.

WLS: ¿Entonces el nombre del virus está directamente relacionado con las proteínas que sintetiza?

MMC: En efecto. Hasta la fecha los virólogos han identificado 16 tipos de proteína H y 9 de proteínas N, todas ellas en virus aviares y algunas de estas variantes han sido aisladas en virus que han infectado a seres humanos. Ahora ya podemos entender completamente la forma de denominar a este virus AH1N1, es decir tiene una proteína hemaglutinina subtipo 1 junto con una proteína neuraminidasa subtipo 1. Estas características le distinguen en parte del virus H5N1 que causa la gripe aviar y que ha sido capaz de infectar a personas en países del sudeste asiático con resultados mayoritariamente catastróficos por su alta letalidad.

WLS: Está claro que a los especialistas estas clasificaciones os aportan mucha información...

MMC: Es interesante destacar que estas dos proteínas además de servir como criterios de clasificación han sido usadas como dianas terapéuticas para diseñar fármacos que puedan inhibir el ciclo de replicación del virus y por lo tanto detener la enfermedad. Actualmente se están usando principalmente dos medicamentos inhibidores de la neuraminidasa, olsetamivir (nombre comercial Tamiflu) y zanamivir (Relenza) en el tratamiento de la infección por virus de la gripe.

Otro aspecto interesante y directamente relacionado con la biología de estos virus es conocer las razones que impiden preparar una vacuna definitiva que inmunice a quien se la administren como ocurre con otras enfermedades de origen vírico como la viruela o el sarampión, pero esto puede ser el tema de otra pregunta.

WLS: Muchas gracias por la explicación Manuel. Cuando quieras te pasas y nos hablas de las vacunas.

Una vez más, gracias por venir. Si te gustó el post puedes apuntarte a través del correo electrónico o por medio del feed RSS (más acerca del RSS). También puedes echarle un vistazo a mis elementos compartidos. Y recuerda, Wan Link Sniper no fabrica para otras marcas :-)